现行的湿巾生产过程基本分为五个步骤：
I)配制将防腐剂、香精和水、护肤剂等按照比例配制，如果是卫生湿毛巾，还需加入消毒剂；
2)搅拌将配制好的液体混合搅拌均匀；
3)浸泡把干巾或干毛巾持续浸泡在液体中一定时间；
4)浙干将湿巾浙干至规定重量；
5)包装折叠湿巾装入包装袋封口。如果是连续化生产则将配制好的液体喷洒在巾体上，随后加以包装。 

 如果湿巾长期被放置在潮湿、闷热、不通风的仓库里，尤其梅雨季节，适宜的温湿度会使真菌繁殖，打开包装袋可以看见在白色的湿巾上有黑色或是深绿色、紫色或者黄色的霉斑，同时还能闻到令人不愉快的霉味。

由于湿巾的防腐防霉难度大，以往国内不少湿巾生产企业均曾发生过由于湿巾微生物严重超标、发臭霉变而造成损失的情况。为了防止湿巾上微生物的繁殖，许多企业都采用在配制液里添加防腐剂的方式以确保产品在保质期内符合卫生。

但是，由于目前对湿巾添加的防腐剂并未作种类和限用量的规定，一些企业为了湿巾微生物指标符合要求，往往任意使用各种防腐剂或加大防腐剂浓度，这样微生物指标虽然得到了控制，但隐藏在深处的危害却极大地威胁着消费者的健康，尤其是一些毒性大、对皮肤刺激强的防腐剂常会造成使用者脸部皮肤过敏或其它不适。